Ngày 9/7/2016, tại buổi Lễ vinh danh “Doanh nghiệp du lịch hàng đầu Việt Nam năm 2016”, Bảo tàng Thành phố Hồ Chí Minh đã được trao giải thưởng “Điểm tham quan du lịch hàng đầu Việt Nam năm 2016” do Tổng cục Du lịch (Bộ Văn hóa – Thể thao và Du lịch) và Hiệp hội Du lịch Việt Nam bình chọn. Đây là giải thưởng hằng năm duy nhất và uy tín nhất của ngành du lịch Việt Nam trao tặng những đơn vị xuất sắc đã khẳng định được chất lượng, hiệu quả kinh doanh du lịch trong năm 2015.
Tại buổi lễ, các danh hiệu hàng đầu đã được vinh danh trên 9 lĩnh vực hoạt động của ngành du lịch. Theo đó về lĩnh vực khách sạn đã chọn được 10 khách sạn 5 sao hàng đầu; 10 khách sạn 4 sao hàng đầu và 10 khách sạn 3 sao hàng đầu Việt Nam. Về lữ hành, Ban tổ chức đã vinh danh 10 doanh nghiệp kinh doanh lữ hành nội địa hàng đầu Việt Nam, 10 doanh nghiệp kinh doanh lữ hành quốc tế đưa khách ra nước ngoài hàng đầu Việt Nam; 10 doanh nghiệp kinh doanh lữ hành quốc tế đưa khách nước ngoài vào Việt Nam.
Ban tổ chức đã trao danh hiệu cho 10 nhà hàng ăn uống phục vụ khách du lịch hàng đầu Việt Nam; 5 cơ sở mua sắm phục vụ khách du lịch Việt Nam, 5 doanh nghiệp kinh doanh vận chuyển khách du lịch bằng ô tô hàng đầu Việt Nam; 5 điểm tham quan du lịch hàng đầu Việt Nam; 5 khu du lịch hàng đầu Việt Nam và 10 sân golf hàng đầu Việt Nam.
Bảo tàng Thành phố Hồ Chí Minh và Thảo Cầm Viên là hai đơn vị của Thành phố Hồ Chí Minh đã được vinh danh trong hạng mục “Điểm tham quan du lịch hàng đầu Việt Nam năm 2016”.